Ο Κωστής Παπαϊωάννου διετέλεσε Γενικός Γραμματέας Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων (Μάρτιος 2015- Νοέμβριος 2016, οπότε παραιτήθηκε). Ήταν επίσης Πρόεδρος του Εθνικού Συμβουλίου κατά του Ρατσισμού και της Μισαλλοδοξίας. Από το 2006 ως το 2015 εκλεγόταν Πρόεδρος της Εθνικής Επιτροπής για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου. Πρωτοστάτησε στη σύσταση του Δικτύου Καταγραφής Περιστατικών Ρατσιστικής Βίας. Παλιότερα ήταν για χρόνια Πρόεδρος του ελληνικού τμήματος της Διεθνούς Αμνηστίας και μέλος ΔΣ της Ελληνικής Ένωσης για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου και του Πολίτη. Μετέχει στο συντονισμό του Παρατηρητηρίου της Δίκης της Χρυσής Αυγής.
Διδάσκει στην Ελληνογαλλική Σχολή Eugène Delacroix. Σπούδασε Ιστορία κ Αρχαιολογία και έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στις Πολιτικές Επιστήμες. Από τις εκδόσεις Μεταίχμιο κυκλοφορεί το βιβλίο του «Τα καθαρά χέρια της Χρυσής Αυγής: Ασκήσεις ναζιστικής καθαρότητας». Από την Ελληνική Ένωση για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου κυκλοφορεί η μπροσούρα του «Ας μιλήσουμε καθαρά για την Ακροδεξιά».