Οι θαλάσσιες μεταφορές είναι ο πιο σημαντικός, ο πιο αποτελεσματικός, αλλά ταυτόχρονα και ο πιο ρυπογόνος τρόπος μεταφοράς εμπορευμάτων. Μη καλυπτόμενη από τη Συμφωνία του Παρισιού, η βιομηχανία αυτή προσπαθεί να θέσει κατευθυντήριες γραμμές με στόχο την εδραίωση θαλάσσιων μεταφορών φιλικότερων προς το περιβάλλον.
H μεταφορά φορτίου είναι ζωτικής σημασίας για το διεθνές εμπόριο και η θαλάσσια εφοδιαστική αποτελεί πρωταρχική λειτουργία της ναυτιλίας παγκόσμια. Τα φορτηγά πλοία μεταφέρουν δισεκατομμύρια τόνους εμπορευμάτων μέσω των θαλάσσιων εμπορικών οδών. Οι θαλάσσιες μεταφορές είναι η πιο αποτελεσματική, χαμηλού κόστους, αλλά και η πιο ρυπογόνος μέθοδος μεταφοράς, καλύπτοντας πάνω από το 90% του παγκόσμιου εμπορίου και 94% του εμπορίου των αναπτυσσόμενων χωρών. Τα περισσότερα πλοία καίνε ακόμα ρυπογόνο βαρύ μαζούτ, ειδικά όταν βρίσκονται σε διεθνή ύδατα. Η ναυτιλία δεν καλύπτεται από την Οδηγία της Ευρωπαϊκής Ένωσης για τη Φορολογία της Ενέργειας (ΟΦΕ).
Επίσης, ο ναυτιλιακός τομέας δεν καλύπτεται από τη Συμφωνία του Παρισιού του 2015. Ακόμη κι έτσι, όμως, η Συμφωνία αυτή περιέχει μη δεσμευτικούς στόχους για τη μείωση των ακαθάριστων ετήσιων εκπομπών αερίων θερμοκηπίου (GHG) κατά τουλάχιστον 50% έως το 2050 σε σχέση με το 2008, ξεκινώντας το συντομότερο δυνατό. Επιπλέον, το νέο παγκόσμιο όριο εκπομπών θείου ύψους 0,5%, το οποίο τέθηκε σε ισχύ την 1η Ιανουαρίου 2020, θα εφαρμόζεται σε περίπου 70.000 πλοία παγκοσμίως.
Ένα άλλο σημαντικό πρόβλημα είναι η χρήση ξένης σημαίας για οικονομικούς λόγους. Συνήθως οι ναυτιλιακές εταιρίες δεν νηολογούν τα σκάφη τους στη χώρα στην οποία είναι οι ίδιοι δηλωμένοι. Με αυτόν τον τρόπο, μπορούν να αποφεύγουν (υψηλότερους) φόρους και να παρακάμπτουν τους εθνικούς εργασιακούς και περιβαλλοντικούς κανονισμούς.
Στις θετικές πτυχές της ναυτιλίας περιλαμβάνεται ο οικολογικός χειρισμός των λιμένων, μέσω της μείωσης των εκπομπών αερίων του θερμοκηπίου. Πολλές μεγαλύτερες λιμενικές αρχές αναλαμβάνουν επί του παρόντος έργα για τη βελτίωση του εξοπλισμού και των τεχνικών χειρισμού φορτίου.
Η ενέργεια που παρέχεται στο πλοίο από την ξηρά προσφέρει στα ελλιμενισμένα πλοία τη δυνατότητα να κλείσουν τους κινητήρες ορυκτών καυσίμων και να λειτουργήσουν εξοπλισμό ζωτικής σημασίας με ηλεκτρική ενέργεια από την ξηρά. Επιπλέον, η καύση αργού πετρελαίου για τη διατήρηση της λειτουργίας των συστημάτων των πλοίων έχει απαγορευτεί στα περισσότερα ευρωπαϊκά λιμάνια.
Χώρες με μεγάλη ναυτιλιακή δραστηριότητα είναι σε θέση να ανανεώσουν τις εφοδιαστικές τους αλυσίδες και υπηρεσίες μεταφοράς, καθιστώντας τες πιο έξυπνες, πιο αποτελεσματικές και φιλικές προς το περιβάλλον. Ο ελληνικός στόλος είναι ο μεγαλύτερος μεταξύ των ευρωπαϊκών κρατών. Ο ελληνόκτητος στόλος αποτελεί κυρίαρχη δύναμη της παγκόσμιας ναυτιλίας, κατέχοντας το 10,2% (σε συντριπτική πλειονότητα (85,2%) των ελληνικών πλοίων είναι νηολογημένα με ξένη σημαία. Η φορολόγηση των πλοιοκτητών δεν ήταν προτεραιότητα των ελληνικών κυβερνήσεων τον τελευταίο αιώνα ενώ η ναυτιλία στη χώρα αντιπροσωπεύει σχεδόν το 7% του ακαθάριστου εγχώριου προϊόντος (ΑΕΠ).
Η πλειονότητα των επιχειρήσεων στην Ευρώπη διέρχεται από τα λιμάνια του Ρότερνταμ, της Αμβέρσας και του Αμβούργου. Το πλεονέκτημα αυτών των λιμένων είναι η σχετικά καλή υποδομή σύνδεσης με τις πιο σημαντικές αγορές και βιομηχανικούς χώρους. Αντίθετα, τα λιμάνια της νότιας Ευρώπης αντιμετωπίζουν το μειονέκτημα των γεωγραφικών εμποδίων, όπως οι Άλπεις, και τις δυσμενείς συνδέσεις με την ενδοχώρα, αφού πρέπει να διασχίσουν ολόκληρα τα Βαλκάνια προκειμένου να φτάσουν στην κεντρική Ευρώπη.
Τον Οκτώβριο του 2016 η Επιτροπή Προστασίας του Θαλάσσιου Περιβάλλοντος υιοθέτησε ορισμένα μέτρα, υποχρεώνοντας τα πλοία να καταγράφουν και να αναφέρουν την κατανάλωση μαζούτ, σύμφωνα με τις Οδηγίες για την ανάπτυξη ενός Σχεδίου Διαχείρισης Ενεργειακής Απόδοσης Πλοίων (SEEMP). Αυτό το σύστημα του Διεθνούς Ναυτιλιακού Οργανισμού (ΙΜΟ) για τη συλλογή δεδομένων κατανάλωσης τέθηκε σε ισχύ τον Μάρτιο του 2018, απαιτώντας από πλοία ολικής χωρητικότητας 5.000 τόνων και πάνω να υποβάλλουν στις Διοικήσεις τους ετήσιες εκθέσεις σχετικά με την κατανάλωση μαζούτ. Για να επιταχύνει τη μετάβαση σε μια ναυτιλία μηδενικής εκπομπής αερίων του θερμοκηπίου, η A.P. Møller-Mærsk, η μεγαλύτερη ναυτιλιακή εταιρεία της Ευρώπης και παγκόσμιος κολοσσός στον τομέα θαλάσσιου εμπορίου, έθεσε έναν νέο και αισιόδοξο στόχο το 2018, να εκπέμπει μηδενικές εκπομπές CO2 από τις δραστηριότητές της έως το 2050. Ωστόσο, η εταιρεία έχει διαπιστωθεί ότι αφαιρεί τη σημαία παλαιότερων σκαφών ώστε να τα μετατρέψει φθηνά σε παλιοσίδερα σε παραλίες της νότιας Ασίας. Ενώ η σημασία του θαλάσσιου εμπορίου θα συνεχίσει να αυξάνεται, είναι ακόμη πιο σημαντικό να καταστεί ο τομέας φιλικότερος προς το περιβάλλον, καθώς και να ενισχυθούν και να επιβληθούν διεθνείς κανόνες και κανονισμοί. Ένα παράδειγμα τέτοιων ενεργειών είναι η πρόσφατη ώθηση του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου για τη συμπερίληψη της ναυτιλίας στο Ευρωπαϊκό Σύστημα Εμπορίας Δικαιωμάτων Εκπομπών (EU ETS).